Az 1938-ban alapított Unum Társaságot is elérte 1950-ben a rendek feloszlatása, így a nővérek családokhoz kerültek a rendházakból. Felmerült a külföldre költözés gondolata is, de Margit a maradás mellett döntött: „Felajánlottuk magunkat az egységért, tehát nem futunk el az áldozat elől. Itt is annyi jót lehet tenni, ellenségszeretetet lehet gyakorolni. Annyit imádkozom már most azokért, akik engem verni fognak. A mennyei Atya kezében vagyunk, Ő velünk lesz, s ha meghalunk, az is jó” – indokolta döntését.

A szétszórásban is figyelt rendtársaira és igyekezett életben tartani az Unum Társaságot. Végül 1951. május 7-én tartóztatták le. Vádként azt fogalmazták meg ellene, hogy a demokratikus államrend megdöntésére irányuló szervezkedésnek a részese volt. Továbbá azt is felrótták neki, hogy tartotta a kapcsolatot a rendtársakkal és illegális szerzetesi életet élt. A kihallgatások után, amelyből összesen 90 volt, 5 év börtönre ítélték.

Kezdetben Budapesten, majd Kalocsán raboskodott. Utóbbi helyen az 5 év alatt nagyon legyengült, de rabtársai visszaemlékezései alapján tudjuk, hogy ott is az áldozatos, felebaráti szeretet tanúja tudott lenni.

„Senkit nem oktatott ki, mégis nevelt. Ez csodálatos volt. Nem magyarázott, hanem a magatartásával hatott: hogy ne nyafogjon az étel, a piszkos ruha, a szörnyű zárka, a szag, a matrac vagy a pokróc miatt. A fegyőr gorombaságait mintha nem hallotta volna. A fegyőrök sem mertek vele komiszkodni. Szó szerint nem merték. Hogy megérezték-e, hogy vele nem lehet?” (Vas Terézia börtöntárs)

Szabadulása előtt átkerült a börtönkórházba, mert már súlyos beteg volt és nem akarták, hogy vértanú legyen. 1956. május 7-én, tehát 70 évvel ezelőtt szabadult. Így az 1956-os eseményeknek az életében más értelmezése van, mint általában a korabeli magyar politikában ennek az évnek.

Szabadulása után ezt írta: „Csak szeretni jöttem vissza a halálból az életbe!”

Életének fő eseményeiről itt lehet olvasni.